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bio-systems-biology-context-specific-models

Dados e Análise Autor: bg-szy

Build tissue and condition-specific metabolic models using GIMME, iMAT, and INIT algorithms with expression data constraints. Create models that reflect cell-type specific metabolism. Use when building tissue-specific metabolic models or integrating transcriptomics with FBA.

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Atualizado há 4 meses
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This file is part of the "Universal Biomedical Skills" project.

Copyright (c) 2026 MD BABU MIA, PhD <md.babu.mia@mssm.edu>

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Provenance: Authenticated by MD BABU MIA

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Context-Specific Models

GIMME Algorithm

import cobra
import numpy as np

def gimme(model, expression_data, threshold=0.25, required_gr

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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