bio-variant-calling

Name: bio-variant-calling
Author: bg-szy

Marketing

Autor: bg-szy

Call SNPs and indels from aligned reads using bcftools mpileup and call. Use when detecting variants from BAM files or generating VCF from alignments.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Version Compatibility

Reference examples tested with: bcftools 1.19+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Variant Calling with bcftools

Call SNPs and indels from aligned reads using bcftools mpileup/call.

When to Use bc

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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