bio-variant-calling-deepvariant

Name: bio-variant-calling-deepvariant
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Deep learning-based variant calling with Google DeepVariant. Provides high accuracy for germline SNPs and indels from Illumina, PacBio, and ONT data. Use when calling variants with DeepVariant deep learning caller.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: GATK 4.5+, bcftools 1.19+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

DeepVariant Variant Calling

Installation

Goal: Install DeepVariant via Docker or Singularity conta

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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