bio-variant-calling-deepvariant

Name: bio-variant-calling-deepvariant
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Deep learning-based variant calling with Google DeepVariant. Provides high accuracy for germline SNPs and indels from Illumina, PacBio, and ONT data. Use when calling variants with DeepVariant deep learning caller or when highest germline calling accuracy is required.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: DeepVariant 1.6+, GLnexus 1.4+, bcftools 1.19+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: docker run google/deepvariant:<tag> --version to confirm build
bcftools --version and bcftools --help to confirm flags

If code throws errors, introspect the installed container and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

DeepVariant Variant Calling

How DeepVariant W

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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