bio-variant-normalization

Name: bio-variant-normalization
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Normalize indel representation, decompose MNPs, and split multiallelic variants using bcftools norm. Use when comparing variants from different callers, preparing VCF for database annotation, or merging VCFs from multiple sources.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: bcftools 1.19+, cyvcf2 0.30+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

The --atomize flag requires bcftools 1.17+. Earlier versions require vt decompose_blocksub as an alternative.

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect th

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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