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bio-workflow-management-snakemake-workflows

Design e Frontend Autor: bg-szy

Build reproducible bioinformatics pipelines with Snakemake using rules, wildcards, and automatic dependency resolution. Use when creating Python-based workflows, automating multi-step analyses with make-like dependency tracking, or running pipelines on HPC clusters with SLURM.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: BWA 0.7.17+, FastQC 0.12+, MultiQC 1.21+, Nextflow 23.10+, Salmon 1.10+, Snakemake 8.0+, bcftools 1.19+, fastp 0.23+, pandas 2.2+, samtools 1.19+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeErro

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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