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bio-workflows-clip-pipeline

DevOps e Infra Autor: bg-szy

End-to-end CLIP-seq pipeline from FASTQ to ENCODE-compliant binding sites, single-nucleotide crosslink maps, annotation, motifs, and (optionally) differential binding. Use when running the full Yeo lab eCLIP / iCLIP / iCLIP2 / iCLIP3 / irCLIP / PAR-CLIP analysis with SMInput control, protocol-specific UMI extraction, ENCODE STAR parameters, CLIPper or Skipper peak calling with stringent log2 FC an

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: umi_tools 1.1.5+, cutadapt 4.6+, fastp 0.23+, STAR 2.7.11b+, samtools 1.19+, bedtools 2.31+, CLIPper 2.0+, Skipper (commit 2023.05+), PureCLIP 1.3.1+, HOMER 4.11+, ChIPseeker 1.40+, preseq 3.2+, picard 3.1+, idr 2.0.4+, MultiQC 1.21+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then help(module.function) t

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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