bio-workflows-cnv-pipeline

Name: bio-workflows-cnv-pipeline
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

End-to-end copy number variant detection workflow from BAM files. Covers CNVkit analysis for exome/targeted sequencing with visualization and annotation. Use when detecting copy number alterations from sequencing data.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: CNVkit 0.9+, GATK 4.5+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

CNV Pipeline

"Detect copy number variants from my sequencing data" -> Orchestrate CNVkit coverage analysi

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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