bio-workflows-expression-to-pathways

Name: bio-workflows-expression-to-pathways
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Workflow from differential expression results to functional enrichment analysis. Covers GO, KEGG, Reactome enrichment with clusterProfiler and visualization. Use when taking DE results to pathway enrichment.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, R stats (base), ReactomePA 1.46+, clusterProfiler 4.10+, ggplot2 3.5+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Expression to Pathways Workflow

**"Fin

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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