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bio-workflows-fastq-to-variants

End-to-end DNA sequencing workflow from FASTQ files to variant calls. Covers QC, alignment with BWA, BAM processing, and variant calling with bcftools or GATK HaplotypeCaller. Use when calling variants from raw sequencing reads.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: BWA-MEM2 2.2.1+, Ensembl VEP 111+, GATK 4.5+, bcftools 1.19+, fastp 0.23+, samtools 1.19+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

FASTQ to Variants Workflow

**"Call variant

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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