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bio-workflows-methylation-pipeline

Dados e Análise Autor: bg-szy

End-to-end bisulfite sequencing workflow from FASTQ to differentially methylated regions. Covers Bismark alignment, methylation calling, and DMR detection with methylKit. Use when analyzing bisulfite sequencing data.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Version Compatibility

Reference examples tested with: Bismark 0.24+, Bowtie2 2.5.3+, FastQC 0.12+, Trim Galore 0.6.10+, fastp 0.23+, methylKit 1.28+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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