bio-workflows-rnaseq-to-de

Name: bio-workflows-rnaseq-to-de
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

End-to-end RNA-seq workflow from FASTQ files to differential expression results. Covers QC, quantification (Salmon or STAR+featureCounts), and DESeq2 analysis with visualization. Use when running RNA-seq from FASTQ to DE results.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, STAR 2.7.11+, Salmon 1.10+, Subread 2.0+, fastp 0.23+, ggplot2 3.5+, kallisto 0.50+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the exam

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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