bio-workflows-somatic-variant-pipeline

Name: bio-workflows-somatic-variant-pipeline
Author: bg-szy

Pesquisa e Web

Autor: bg-szy

End-to-end somatic variant calling from tumor-normal paired samples using Mutect2 or Strelka2. Covers preprocessing, variant calling, filtering, and annotation for cancer genomics. Use when calling somatic mutations from tumor-normal pairs.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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Reference examples tested with: CNVkit 0.9+, Ensembl VEP 111+, GATK 4.5+, SnpEff 5.2+, bcftools 1.19+, picard 3.1+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Somatic Variant Pipeline

**"Call somatic mutation

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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