bioinformatics-workflows-cicd

Name: bioinformatics-workflows-cicd
Author: Pavel-Kravchenko

Desenvolvimento

Autor: Pavel-Kravchenko

Padrões para pipelines de bioinformática utilizando Snakemake, Nextflow DSL2, GitHub Actions CI e pytest.

3estrelas

Atualizado há 6 meses

Ver no GitHub ↗

Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

Para o autor da skill

Cole no README do seu repo

Mostra que sua skill está catalogada na Skillteca, gera backlink e tráfego rastreável.

[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/bioinformatics-workflows-cicd/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/bioinformatics-workflows-cicd)

#ai #git #github #test

Skills relacionadas

Ver todas de Desenvolvimento →

claude-api

153.1k

Build, debug, and optimize Claude API / Anthropic SDK apps. Apps built with this skill should include prompt caching. Also handles migrating existing Claude API code between Claude model versions (4.5 → 4.6, 4.6 → 4.7, retired-model replacements). TRIGGER when: code imports `anthropic`/`@anthropic-ai/sdk`; user asks for the Claude API, Anthropic SDK, or Managed Agents; user adds/modifies/tunes a C

Desenvolvimento #ai #api por anthropics

skill-creator

153.1k

Crie novas skills, modifique e aprimore as existentes, e meça seu desempenho. Utilize para desenvolver, editar, otimizar, testar e comparar skills, além de refinar suas descrições para maior precisão de acionamento.

Desenvolvimento #test por anthropics

claude-code-plugin-release

83.4k

Fluxo de trabalho automatizado de versionamento semântico e lançamento para plugins do Claude Code. Gerencia incrementos de versão em manifestos package.json, marketplace.json, plugin.json, publicação npm (para que npx claude-mem@X.Y.Z seja resolvido), verificação de build, marcação git, lançamentos no GitHub e geração de changelog.

Desenvolvimento #ai #git por thedotmack

claude-mem

83.4k

Contexto Persistente Entre Sessões para Cada Agente – Captura tudo o que seu agente faz durante as sessões, comprime com IA e injeta contexto relevante de volta em sessões futuras. Compatível com Claude Code, OpenClaw, Codex, Gemini, Hermes, Copilot, OpenCode e mais.

Desenvolvimento #ai por thedotmack

Alerta por categoria

Receba novas skills de Desenvolvimento toda segunda

1 email curto, só com as skills novas de Desenvolvimento. 4 minutos de leitura, sem spam, cancela com 1 clique.

Você confirma o email no primeiro envio. Sem spam. Cancela com 1 clique.

Ler descrição completa

When to Use

Scaling analyses across samples on HPC (Snakemake, Nextflow)
Adding CI/CD to bioinformatics repos (GitHub Actions + pytest)
Containerising pipeline processes (Docker/Singularity via Nextflow)

Snakemake

Core Structure

SAMPLES = config['samples']   # from config.yaml

rule all:
    input:
        "results/counts_matrix.csv",
        expand("qc/{sample}_fastqc.html", sample=SAMPLES)

rule align:
    input:
        fastq = "data/{sample}.fastq.gz",
        ind

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

Compartilhar X LinkedIn