biopython-sequence-analysis

Name: biopython-sequence-analysis
Rating: 5 (1 reviews)
Author: bg-szy

Biopython sequence analysis: parse FASTA/FASTQ/GenBank/GFF (SeqIO), NCBI Entrez (esearch/efetch/elink), remote/local BLAST, pairwise/MSA alignment (PairwiseAligner, MUSCLE/ClustalW), phylogenetic trees (Phylo). Use for gene family studies, phylogenomics, comparative genomics, NCBI pipelines. For PCR/restriction/cloning use biopython-molecular-biology; for SAM/BAM use pysam.

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Atualizado há 18 dias

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#python #ai

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Biopython: Sequence Analysis Toolkit

Overview

Biopython provides a comprehensive suite of modules for sequence-centric bioinformatics: reading and writing every major biological file format (FASTA, FASTQ, GenBank, GFF), querying NCBI databases programmatically, running BLAST searches and parsing results, aligning sequences pairwise or in multiple-sequence alignments, and building and visualizing phylogenetic trees. This skill focuses on analysis workflows — from NCBI data retrieval throug

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