bioservices-multi-database

Name: bioservices-multi-database
Author: bg-szy

Pesquisa e Web

Autor: bg-szy

Unified Python interface to 40+ bioinformatics web services: UniProt proteins, KEGG pathways, ChEMBL/ChEBI/PubChem, BLAST, cross-database ID mapping, GO annotations, PPI. For deep single-DB queries use dedicated tools (gget for Ensembl, pubchempy for PubChem); bioservices excels at cross-database workflows.

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#excel #python

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BioServices Multi-Database Access

Overview

BioServices provides a unified Python interface to 40+ bioinformatics web services including UniProt, KEGG, ChEMBL, ChEBI, PubChem, UniChem, PSICQUIC, QuickGO, and BLAST. Each service is accessed through a consistent object-oriented API with built-in caching, rate limiting, and output format handling.

When to Use

Querying protein information from UniProt (search, retrieve, ID mapping)
Discovering KEGG pathways and extracting gene/interac

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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