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blast-sequence-search

Habilidade BLAST para busca por similaridade de sequências, detecção de homologia e consulta a bancos de dados.

1.4kestrelas
Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗ Licença: MIT

Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Ler descrição completa

BLAST Sequence Search Skill

Purpose

Provide BLAST capabilities for sequence similarity searching, homology detection, and database querying across nucleotide and protein sequences.

Capabilities

  • BLASTn/BLASTp/BLASTx execution
  • Custom database creation and management
  • E-value and alignment filtering
  • Output parsing and result annotation
  • Batch query processing
  • Remote NCBI database queries

Usage Guidelines

  • Select appropriate BLAST program for query/database type
  • Set E-value thresholds based on search sensitivity needs
  • Create custom databases for project-specific searches
  • Parse and filter results for downstream analysis
  • Consider computational resources for large searches
  • Document database versions for reproducibility

Dependencies

  • NCBI BLAST+
  • DIAMOND
  • MMseqs2

Process Integration

  • Whole Genome Sequencing Pipeline (wgs-analysis-pipeline)
  • Protein Structure Prediction (protein-structure-prediction)
  • Shotgun Metagenomics Pipeline (shotgun-metagenomics)
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