bulk-rna-seq-deconvolution-with-bulk2single

Name: bulk-rna-seq-deconvolution-with-bulk2single
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Turn bulk RNA-seq cohorts into synthetic single-cell datasets using omicverse's Bulk2Single workflow for cell fraction estimation, beta-VAE generation, and quality control comparisons against reference scRNA-seq.

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Atualizado há 4 meses

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Bulk RNA-seq deconvolution with Bulk2Single

Overview

Use this skill when a user wants to reconstruct single-cell profiles from bulk RNA-seq together with a matched reference scRNA-seq atlas. It follows [t_bulk2single.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk2single/t_bulk2single.ipynb), which demonstrates how to harmonise PDAC bulk replicates, train the beta-VAE generator, and benchmark the output cells against dentate gyrus scRNA-seq.

Instructions

**Load libraries and data

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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