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bulk-rna-seq-deseq2-analysis-with-omicverse

Desenvolvimento Autor: bg-szy

Walk Claude through PyDESeq2-based differential expression, including ID mapping, DE testing, fold-change thresholding, and enrichment visualisation.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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#test

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Bulk RNA-seq DESeq2 analysis with omicverse

Overview

Use this skill when a user wants to reproduce the DESeq2 workflow showcased in [t_deseq2.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_deseq2.ipynb). It covers loading raw featureCounts matrices, mapping Ensembl IDs to symbols, running PyDESeq2 via ov.bulk.pyDEG, and exploring downstream enrichment plots.

Instructions

  1. Import and format the expression matrix
  2. Call import omicverse as ov and `ov.utils.ov_plot_set(

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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