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bulk-rna-seq-differential-expression-with-omicverse

Guide Claude through omicverse's bulk RNA-seq DEG pipeline, from gene ID mapping and DESeq2 normalization to statistical testing, visualization, and pathway enrichment. Use when a user has bulk count matrices and needs differential expression analysis in omicverse.

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Bulk RNA-seq differential expression with omicverse

Overview

Follow this skill to run the end-to-end differential expression (DEG) workflow showcased in [t_deg.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_deg.ipynb). It assumes the user provides a raw gene-level count matrix (e.g., from featureCounts) and wants to analyse bulk RNA-seq cohorts inside omicverse.

Instructions

  1. Set up the session
  2. Import omicverse as ov, scanpy as sc, and matplotlib.pyplot as plt.

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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