bulk-wgcna-analysis-with-omicverse

Name: bulk-wgcna-analysis-with-omicverse
Author: bg-szy

Pesquisa e Web

Autor: bg-szy

Assist Claude in running PyWGCNA through omicverse—preprocessing expression matrices, constructing co-expression modules, visualising eigengenes, and extracting hub genes.

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Atualizado há 4 meses

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Bulk WGCNA analysis with omicverse

Overview

Activate this skill for users who want to reproduce the WGCNA workflow from [t_wgcna.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_wgcna.ipynb). It guides you through loading expression data, configuring PyWGCNA, constructing weighted gene co-expression networks, and inspecting modules of interest.

Instructions

Prepare the environment
Import omicverse as ov, scanpy as sc, matplotlib.pyplot as plt, and pandas as pd.

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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