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bulktrajblend-trajectory-interpolation

Pesquisa e Web Autor: bg-szy

Extend scRNA-seq developmental trajectories with BulkTrajBlend by generating intermediate cells from bulk RNA-seq, training beta-VAE and GNN models, and interpolating missing states.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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BulkTrajBlend trajectory interpolation

Overview

Invoke this skill when users need to bridge gaps in single-cell developmental trajectories using matched bulk RNA-seq. It follows [t_bulktrajblend.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk2single/t_bulktrajblend.ipynb), showcasing how BulkTrajBlend deconvolves PDAC bulk samples, identifies overlapping communities with a GNN, and interpolates "interrupted" cell states.

Instructions

  1. Prepare libraries and inputs
  2. Import `

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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