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bwa-aligner

Skill de alinhamento BWA-MEM2 para mapear leituras de sequenciamento a genomas de referência com seleção otimizada de parâmetros.

1.4kestrelas
Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗ Licença: MIT

Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

Para o autor da skill

Cole no README do seu repo

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/bwa-aligner/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/bwa-aligner)

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BWA Aligner Skill

Purpose

Enable BWA-MEM2 alignment for mapping sequencing reads to reference genomes with optimized parameter selection and quality assessment.

Capabilities

  • Read alignment to reference genomes
  • Parameter optimization for different read types
  • Multi-threading configuration
  • Index generation and management
  • Alignment quality metrics reporting
  • Support for paired-end and single-end reads

Usage Guidelines

  • Generate genome indices before alignment
  • Select appropriate parameters for read length and type
  • Use multi-threading for performance optimization
  • Validate alignment quality metrics post-processing
  • Document parameter choices and rationale
  • Archive index files for reproducibility

Dependencies

  • BWA-MEM2
  • minimap2
  • samtools

Process Integration

  • Whole Genome Sequencing Pipeline (wgs-analysis-pipeline)
  • Long-Read Sequencing Analysis (long-read-analysis)
  • Tumor Molecular Profiling (tumor-molecular-profiling)
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