bwa-mem2-dna-aligner

Name: bwa-mem2-dna-aligner
Author: bg-szy

Marketing

Autor: bg-szy

Fast short-read DNA aligner for WGS/WES/ChIP-seq. 2× faster BWA-MEM successor; outputs SAM/BAM with read group headers for GATK. Primary plus supplementary records for chimeric reads. Use STAR for RNA-seq splice-aware alignment; Bowtie2 is a comparable alternative.

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Atualizado há 4 meses

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BWA-MEM2 — DNA Short-Read Aligner

Overview

BWA-MEM2 aligns short DNA reads (Illumina, 50–250 bp) to a reference genome using the BWT-FM index. It is the standard aligner for whole-genome sequencing (WGS), whole-exome sequencing (WES), ChIP-seq, and ATAC-seq DNA alignment. BWA-MEM2 is 2× faster than the original BWA-MEM while producing identical results. It outputs SAM format with proper read group (@RG) headers required by GATK HaplotypeCaller and Picard tools. For paired-end reads, it

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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