cellchat-cell-communication

Name: cellchat-cell-communication
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Infer and visualize intercellular communication from scRNA-seq with CellChat (R). Build CellChat from Seurat/counts → subset CellChatDB ligand-receptor pairs → over-expressed genes per group → communication probabilities → pathway signaling → network centrality (senders/receivers/influencers) → chord/heatmap/bubble plots → cross-condition compare. Human, mouse. Use liana for pure-Python.

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CellChat — Cell-Cell Communication Analysis

Overview

CellChat is an R package that infers and visualizes intercellular signaling networks from single-cell RNA-seq data. Starting from a normalized expression matrix and cluster labels, CellChat identifies ligand-receptor interactions supported by CellChatDB — a manually curated database of over 2,000 validated ligand-receptor pairs in human and mouse. Communication probability is modeled using the law of mass action, combining expression le

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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