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claw-ancestry-pca

Pesquisa e Web Autor: bg-szy

Ancestry analysis report with population assignments and statistics

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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🦖 Ancestry Decomposition PCA

Place your study cohort in global genetic context by computing a joint PCA against the Simons Genome Diversity Project (SGDP) — 345 samples from 164 populations spanning every inhabited continent.

What it does

  1. Takes your VCF + population map as input
  2. Finds common variants between your cohort and the SGDP reference panel (bundled)
  3. Runs PLINK PCA on the merged dataset
  4. Separates your cohort from SGDP reference samples
  5. Matches SGDP samples to their

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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