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claw-metagenomics

Pesquisa e Web Autor: bg-szy

commands.sh, environment.yml, checksums.sha256

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Shotgun Metagenomics Profiler

Comprehensive shotgun metagenomics analysis combining taxonomic classification, antimicrobial resistance gene detection, and functional pathway profiling from paired-end FASTQ files.

What it does

  1. Takes paired-end FASTQ files (R1, R2) or a single concatenated FASTQ as input
  2. Runs Kraken2 taxonomic classification against a standard database (e.g., Standard-8, PlusPF)
  3. Refines abundances with Bracken at species level (read re-estimation)
  4. Detec

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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