Receber por email
← Voltar para o catálogo

deepvariant-caller

Skill DeepVariant de chamada de variantes por deep learning para detecção de SNVs e indels de alta precisão.

1.4kestrelas
Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗ Licença: MIT

Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

Para o autor da skill

Cole no README do seu repo

Mostra que sua skill está catalogada na Skillteca, gera backlink e tráfego rastreável.

[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/deepvariant-caller/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/deepvariant-caller)

Skills relacionadas

Ver todas de Automação →

Alerta por categoria

Receba novas skills de Automação toda segunda

1 email curto, só com as skills novas de Automação. 4 minutos de leitura, sem spam, cancela com 1 clique.

Você confirma o email no primeiro envio. Sem spam. Cancela com 1 clique.

Ler descrição completa

DeepVariant Caller Skill

Purpose

Enable DeepVariant deep learning variant calling for high-accuracy SNV and indel detection.

Capabilities

  • GPU-accelerated variant calling
  • WGS/WES/PacBio mode selection
  • Model customization and retraining
  • Confidence calibration
  • Multi-sample variant calling
  • Docker/Singularity deployment

Usage Guidelines

  • Select appropriate model for sequencing type
  • Use GPU acceleration when available
  • Validate accuracy against benchmark datasets
  • Consider container deployment for reproducibility
  • Document model version and parameters
  • Compare with traditional callers for validation

Dependencies

  • DeepVariant
  • Parabricks

Process Integration

  • Whole Genome Sequencing Pipeline (wgs-analysis-pipeline)
  • Long-Read Sequencing Analysis (long-read-analysis)
  • Analysis Pipeline Validation (pipeline-validation)
Compartilhar X LinkedIn