dna-methylation

Name: dna-methylation
Author: Pavel-Kravchenko

DevOps e Infra

Autor: Pavel-Kravchenko

Análise de sequenciamento de bissulfito: processamento WGBS/RRBS, identificação de DMRs e estimativa do relógio epigenético.

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Atualizado há 6 meses

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dna-methylation

Bisulfite sequencing analysis: WGBS/RRBS processing, DMR calling, and epigenetic clock estimation.

Quick Reference

| Step | Tool | Notes | |------|------|-------| | Genome prep | bismark_genome_preparation | Creates CT/GA converted index | | Alignment | bismark | Bowtie2 backend | | Deduplication | deduplicate_bismark | Remove PCR duplicates | | Extraction | bismark_methylation_extractor | CpG/CHH/CHG contexts | | Load in R | methylKit::methRead() | From bismark

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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