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esm

"ESM2 protein language model for embeddings and sequence scoring. Use this skill when: (1) Computing pseudo-log-likelihood (PLL) scores, (2) Getting protein embeddings for clustering, (3) Filtering designs by sequence plausibility, (4) Zero-shot variant effect prediction, (5) Analyzing sequence-function relationships.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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ESM2 Protein Language Model

Prerequisites

| Requirement | Minimum | Recommended | |-------------|---------|-------------| | Python | 3.8+ | 3.10 | | PyTorch | 1.10+ | 2.0+ | | CUDA | 11.0+ | 11.7+ | | GPU VRAM | 8GB | 24GB (A10G) | | RAM | 16GB | 32GB |

How to run

First time? See [Installation Guide](../../docs/installation.md) to set up Modal and biomodals.

Option 1: Modal

cd biomodals
modal run modal_esm2_predict_masked.py \
  --input-faa sequences.fasta \
  --ou

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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