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foldseek

"Structure similarity search with Foldseek. Use this skill when: (1) Finding similar structures in PDB/AFDB databases, (2) Structural homology search, (3) Database queries by 3D structure, (4) Finding remote homologs not detected by sequence, (5) Clustering structures by similarity.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Foldseek Structure Search

Prerequisites

| Requirement | Minimum | Recommended | |-------------|---------|-------------| | Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |

How to run

Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.

Option 1: Web Server (Quick; rate-limited, use sparingly)

# Upload structure to web server
curl -X POST "https://search.foldseek.com/api/ticket" \
  -F "q=@query.pdb" \
  -F "databas

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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