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Skill de melhores práticas GATK para chamada de variantes germinativas e somáticas com genotipagem conjunta.
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Licença: MIT
Como adicionar
/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter
O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.
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[](https://www.skillteca.com.br/skills/gatk-variant-caller)
利用AI大模型，一键生成高清短视频 Generate short videos with one click using AI LLM.
Automação
por harry0703
Creates an SVG weather card showing the current temperature for Dubai. Writes the SVG to orchestration-workflow/weather.svg and updates orchestration-workflow/output.md.
Automação
#ai
por shanraisshan
Automate Asana tasks via Rube MCP (Composio): tasks, projects, sections, teams, workspaces. Always search tools first for current schemas.
Automação
#git
#github
por sickn33
Integrate Stripe, PayPal, and payment processors. Handles checkout flows, subscriptions, webhooks, and PCI compliance. Use PROACTIVELY when implementing payments, billing, or subscription features.
Automação
#git
#github
por sickn33
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GATK Variant Caller Skill
Purpose
Provide GATK best practices for germline and somatic variant calling with joint genotyping support.
Capabilities
- HaplotypeCaller execution
- Base quality score recalibration (BQSR)
- Variant quality score recalibration (VQSR)
- Joint genotyping across cohorts
- GVCF generation and management
- Mutect2 somatic calling
Usage Guidelines
- Follow GATK best practices workflow
- Apply BQSR for improved accuracy
- Use VQSR for quality filtering when sample count permits
- Generate GVCFs for scalable joint calling
- Select Mutect2 for somatic variants
- Document resource bundles and versions
Dependencies
Process Integration
- Whole Genome Sequencing Pipeline (wgs-analysis-pipeline)
- Clinical Variant Interpretation (clinical-variant-interpretation)
- Tumor Molecular Profiling (tumor-molecular-profiling)
- Rare Disease Diagnostic Pipeline (rare-disease-diagnostics)
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