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gget-genomic-databases

Unified CLI/Python interface to 20+ genomic databases. Gene lookups (Ensembl search/info/seq), BLAST/BLAT, AlphaFold, Enrichr enrichment, OpenTargets disease/drug, CELLxGENE single-cell, cBioPortal/COSMIC cancer, ARCHS4 expression. Spans genomics, proteomics, disease. For batch/advanced BLAST use biopython; for multi-DB Python SDK use bioservices.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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gget — Unified Genomic Database Access

Overview

gget is a command-line and Python package providing unified access to 20+ genomic databases and analysis methods. Query gene information, sequences, protein structures, expression data, and disease associations through a consistent interface. All modules work as both CLI tools and Python functions, returning DataFrames (Python) or JSON/CSV (CLI).

When to Use

  • Looking up gene information (names, IDs, descriptions) across species from En

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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