gsea-enrichment-analysis

Name: gsea-enrichment-analysis
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Gene set enrichment analysis with correct geneset format handling. Critical guidance for loading pathway databases and running enrichment in OmicVerse.

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Atualizado há 4 meses

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GSEA and Pathway Enrichment Analysis

Overview

This skill covers gene set enrichment analysis (GSEA) and pathway enrichment workflows in OmicVerse. It provides critical guidance on the correct data formats and API usage patterns to avoid common errors.

Critical API Reference - Geneset Format

IMPORTANT: Use Dictionary Format, NOT File Path!

The ov.bulk.geneset_enrichment() function requires a dictionary of gene sets, NOT a file path string. You must first load the geneset fil

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