hmdb-database

Name: hmdb-database
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Parse HMDB (Human Metabolome Database) local XML for metabolite info, chemical properties, biological context, disease links, spectra, and cross-DB mapping. No REST API — uses ~6 GB XML download. Use drugbank-database-access for drugs; pubchem-compound-search for live lookups.

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Atualizado há 4 meses

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HMDB Database — Local XML Access

Overview

Query the Human Metabolome Database (HMDB, 220,000+ metabolite entries) by parsing locally downloaded XML with Python's ElementTree. Covers metabolite lookup, chemical properties, biological context (pathways, enzymes, biofluids), disease/biomarker associations, spectral data for metabolite identification, and cross-database ID mapping to KEGG, PubChem, ChEBI, and DrugBank.

When to Use

Looking up metabolite information (description, chemica

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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