humann-functional-profiler

Name: humann-functional-profiler
Author: a5c-ai

Automação

Autor: a5c-ai

Habilidade de perfilagem funcional HUMAnN para análise de vias metagenômicas.

1.4kestrelas

Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗ Licença: MIT

Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Ler descrição completa

HUMAnN Functional Profiler Skill

Purpose

Provide HUMAnN functional profiling for metagenomic pathway analysis.

Capabilities

Gene family quantification
MetaCyc pathway abundance
UniRef annotation
Stratified functional profiles
Pathway coverage analysis
Custom database integration

Usage Guidelines

Run taxonomic profiling first
Quantify gene families and pathways
Stratify by organism when relevant
Analyze pathway coverage
Compare functional profiles
Document database versions

Dependencies

HUMAnN3
eggNOG-mapper
Prokka

Process Integration

Shotgun Metagenomics Pipeline (shotgun-metagenomics)

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