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immunogenomics

Pipelines para análise de repertório V(D)J, tipagem HLA e predição de neoantígenos.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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immunogenomics

V(D)J repertoire analysis, HLA typing, and neoantigen prediction pipelines.

Quick Reference

| Task | Tool | Output | |------|------|--------| | scTCR/BCR analysis | scirpy | Clonotype tables, diversity plots | | Bulk TCR/BCR from RNA-seq | TRUST4 | CDR3 sequences, V/J assignments | | HLA typing | OptiType | 4-digit HLA alleles | | Peptide-MHC binding | NetMHCpan | Rank percentile, binding affinity | | Neoantigen pipeline | pVACseq | Prioritized epitope list |

scirpy: 1

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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