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kraken2-taxonomic-classifier

Automação Autor: a5c-ai

Habilidade de classificação taxonômica Kraken2 para atribuição rápida de leituras metagenômicas.

1.4kestrelas
Atualizado há 4 meses
Ver no GitHub ↗ Licença: MIT

Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

Para o autor da skill

Cole no README do seu repo

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/kraken2-taxonomic-classifier/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/kraken2-taxonomic-classifier)
#api

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Ler descrição completa

Kraken2 Taxonomic Classifier Skill

Purpose

Provide Kraken2 taxonomic classification for rapid metagenomic read assignment.

Capabilities

  • k-mer based classification
  • Custom database creation
  • Confidence score filtering
  • Bracken abundance estimation
  • Multi-sample reporting
  • Memory-efficient operation

Usage Guidelines

  • Build or download appropriate databases
  • Set confidence thresholds for accuracy
  • Use Bracken for abundance estimation
  • Generate reports for visualization
  • Consider memory requirements
  • Document database versions

Dependencies

  • Kraken2
  • Bracken
  • Centrifuge

Process Integration

  • Shotgun Metagenomics Pipeline (shotgun-metagenomics)
  • 16S rRNA Microbiome Analysis (16s-microbiome-analysis)
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