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ligandmpnn

"Ligand-aware protein sequence design using LigandMPNN. Use this skill when: (1) Designing sequences around small molecules, (2) Enzyme active site design, (3) Ligand binding pocket optimization, (4) Metal coordination site design, (5) Cofactor binding proteins.

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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LigandMPNN Ligand-Aware Design

Prerequisites

| Requirement | Minimum | Recommended | |-------------|---------|-------------| | Python | 3.8+ | 3.10 | | CUDA | 11.0+ | 11.7+ | | GPU VRAM | 8GB | 16GB (T4) | | RAM | 8GB | 16GB |

How to run

First time? See [Installation Guide](../../docs/installation.md) to set up Modal and biomodals.

Option 1: Modal (recommended)

cd biomodals
modal run modal_ligandmpnn.py \
  --pdb-path protein_ligand.pdb \
  --num-seq-per-target 16 

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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