maxquant-proteomics

Name: maxquant-proteomics
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

MaxQuant + Perseus proteomics pipeline: run MaxQuant for LFQ and SILAC; parse proteinGroups.txt in Python; filter contaminants/decoys; log2 + median-normalize; impute MNAR; t-test with FDR; volcano plot; GO/pathway enrichment. Use Proteome Discoverer for Thermo-native processing; FragPipe/MSFragger for GPU-accelerated DB search.

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MaxQuant + Perseus — Proteomics Analysis Pipeline

Overview

MaxQuant is the community-standard software for label-free quantification (LFQ) and SILAC proteomics. It performs database search, protein grouping, and intensity-based quantification from raw LC-MS/MS files, producing proteinGroups.txt as the primary output. Downstream statistical analysis — filtering, normalization, imputation, differential abundance testing, and visualization — is performed in Python using pandas, scipy, and

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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