metabolomics

Name: metabolomics
Author: Pavel-Kravchenko

Dados e Análise

Autor: Pavel-Kravchenko

Fluxo de trabalho para análise metabolômica, cobrindo processamento de dados LC-MS, identificação de metabólitos, análise estatística e mapeamento de vias. Utilize ao conduzir experimentos de metabolômica.

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metabolomics

LC-MS metabolomics preprocessing, metabolite identification, and pathway enrichment analysis.

Quick Reference

| Step | Tool | Notes | |------|------|-------| | Peak picking | XCMS / MZmine | centWave algorithm for LC-MS | | Normalization | PQN, IS-based | Probabilistic Quotient Normalization | | Exact mass match | HMDB / KEGG | ± 5 ppm tolerance | | MS/MS matching | GNPS / MassBank | Cosine similarity threshold > 0.7 | | Structure prediction | SIRIUS + CSI:FingerID | De novo

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