metabolomics-workbench-database

Name: metabolomics-workbench-database
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Query Metabolomics Workbench REST API (4,200+ NIH studies) for metabolite ID, study discovery, RefMet standardization, m/z precursor searches, and gene/protein annotations. Quirks: compound input_item rejects `name` (use pubchem_cid/kegg_id/inchi_key/etc.); free-text → compound is a two-step refmet/match→refmet/name flow; moverz endpoint returns TSV text, not JSON. Use hmdb-database for local XML;

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Atualizado há 4 meses

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Metabolomics Workbench Database — REST API Access

Overview

The Metabolomics Workbench (MW) REST API at https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/ exposes 4,200+ metabolomics studies hosted at UCSD under NIH Common Fund sponsorship. URL pattern is /{context}/{input_item}/{input_value}/{output_item}/{format}. Contexts include compound, refmet, moverz, study, analysis, metabolite, gene, protein. Notable quirks discovered live:

compound/name/{x} is rejected — `na

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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