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metagenomics-amplicon

Análise de diversidade e comunidade por metagenômica 16S/amplicon.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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16S Amplicon Metagenomics

When to Use

  • 16S rRNA amplicon microbiome studies (OTU/ASV, alpha/beta diversity)
  • Promoter scanning: TATA box detection, CpG island calling, PWM/TFBS scanning

Quick Reference

16S Alpha Diversity

| Metric | Formula | Notes | |--------|---------|-------| | Observed species | count(counts > 0) | Richness only | | Shannon H' | -Σ pᵢ ln(pᵢ) | Richness + evenness | | Simpson 1-D | 1 - Σ pᵢ² | Robust to rare taxa | | Faith's PD | Σ branch lengths | Ph

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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