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Metagenômica de escopeta: descontaminação do hospedeiro, perfil taxonômico com Kraken2, abundância com Bracken, anotação funcional com HUMAnN3, montagem com MEGAHIT, binning com MetaBAT2, CheckM, MAGs e 16S com QIIME2.
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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics
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Metagenomics (Shotgun 16S)
When to Use
Use this skill when:
Processing whole-metagenome shotgun sequencing (WMS) data Performing taxonomic profiling beyond 16S (species/strain resolution) Annotating community functional pathways Recovering metagenome-assembled genomes (MAGs) Running 16S amplicon analysis with QIIME2
Quick Reference
| Task | Tool | Key Command | |------|------|-------------| | Host decontamination | Bowtie2 | bowtie2 --un-conc-gz decontam | | Taxonomic pr
[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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