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metagenomics-shotgun

Metagenômica de escopeta: descontaminação do hospedeiro, perfil taxonômico com Kraken2, abundância com Bracken, anotação funcional com HUMAnN3, montagem com MEGAHIT, binning com MetaBAT2, CheckM, MAGs e 16S com QIIME2.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/metagenomics-shotgun/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/metagenomics-shotgun)
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Metagenomics (Shotgun 16S)

When to Use

Use this skill when:

  • Processing whole-metagenome shotgun sequencing (WMS) data
  • Performing taxonomic profiling beyond 16S (species/strain resolution)
  • Annotating community functional pathways
  • Recovering metagenome-assembled genomes (MAGs)
  • Running 16S amplicon analysis with QIIME2

Quick Reference

| Task | Tool | Key Command | |------|------|-------------| | Host decontamination | Bowtie2 | bowtie2 --un-conc-gz decontam | | Taxonomic pr

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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