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network-biology

Análise de redes biológicas, utilizando redes PPI do STRING, métricas de grafo NetworkX e detecção de comunidades Louvain. Realiza enriquecimento GO por módulo, exportação para Cytoscape e inferência de redes regulatórias gênicas com GENIE3.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Network Biology

When to Use

Use this skill when:

  • Building protein-protein interaction (PPI) networks from STRING/BioGRID
  • Computing network topology metrics (degree, centrality, clustering)
  • Detecting functional modules in biological networks
  • Inferring gene regulatory networks from expression data
  • Integrating network modules with differential expression results

Quick Reference

| Task | Tool | Key Method | |------|------|-----------| | Retrieve PPI data | STRING REST API | `re

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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