packmol

Name: packmol
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

This skill should be used when the user asks to "create a packmol input", "pack molecules with packmol", "solvate a protein", "build an initial configuration", "setup molecular dynamics", or discusses molecular packing, solvation, or building simulation starting structures.

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Packmol Skill

Build initial configurations for molecular dynamics simulations using Packmol.

What is Packmol?

Packmol creates initial configurations for MD simulations by packing molecules according to spatial constraints. It places molecules in boxes, around proteins, at interfaces, or within complex geometries (spheres, cylinders, ellipsoids) while ensuring no overlaps.

Installation

Install Packmol via pip:

pip install packmol

Verify installation:

packmol -h

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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