pdb

Name: pdb
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

"Fetch and analyze protein structures from RCSB PDB. Use this skill when: (1) Need to download a structure by PDB ID, (2) Search for similar structures, (3) Prepare target for binder design, (4) Extract specific chains or domains, (5) Get structure metadata.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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#ai

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PDB Database Access

Note: This skill uses the RCSB PDB web API directly. No Modal deployment needed - all operations run locally via HTTP requests.

Fetching Structures

By PDB ID

# Download PDB file
curl -o 1alu.pdb "https://files.rcsb.org/download/1ALU.pdb"

# Download mmCIF
curl -o 1alu.cif "https://files.rcsb.org/download/1ALU.cif"

Using Python

from Bio.PDB import PDBList

pdbl = PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file("1ABC", pdir="structures/", file_format

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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