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prokka-genome-annotation

Annotate prokaryotic genomes (bacteria, archaea, viruses) via Prokka's BLAST/HMM pipeline. Identifies CDS, rRNA, tRNA, tmRNA, signal peptides against Pfam, TIGRFAMs, RefSeq. Outputs GFF3, GenBank, FASTA, TSV. Use PGAP for NCBI GenBank submission; Bakta for faster NCBI-compatible annotation.

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Prokka Genome Annotation

Overview

Prokka is a command-line pipeline for rapid annotation of prokaryotic genomes (bacteria, archaea, and viruses). It uses a tiered search strategy: protein-coding genes (CDS) are predicted with Prodigal and searched first against a genus-specific database, then RefSeq proteins, then Pfam/TIGRFAMs HMMs. Non-coding RNA genes (rRNA, tRNA, tmRNA) are identified with Barrnap, Aragorn, and Infernal. Prokka processes a single FASTA assembly in minutes and outputs

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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