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protein-qc

Design e Frontend Autor: bg-szy

"Quality control metrics and filtering thresholds for protein design. Use this skill when: (1) Evaluating design quality for binding, expression, or structure, (2) Setting filtering thresholds for pLDDT, ipTM, PAE, (3) Checking sequence liabilities (cysteines, deamidation, polybasic clusters), (4) Creating multi-stage filtering pipelines, (5) Computing PyRosetta interface metrics (dG, SC, dSASA),

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Protein Design Quality Control

Critical Limitation

Individual metrics have weak predictive power for binding. Research shows:

  • Individual metric ROC AUC: 0.64-0.66 (slightly better than random)
  • Metrics are pre-screening filters, not affinity predictors
  • Composite scoring is essential for meaningful ranking

These thresholds filter out poor designs but do NOT predict binding affinity.

QC Organization

QC is organized by purpose and level:

| Purpose | What it as

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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