pydeseq2

Name: pydeseq2
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Differential gene expression analysis (Python DESeq2). Identify DE genes from bulk RNA-seq counts, Wald tests, FDR correction, volcano/MA plots, for RNA-seq analysis.

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Atualizado há 4 meses

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PyDESeq2

Overview

PyDESeq2 is a Python implementation of DESeq2 for differential expression analysis with bulk RNA-seq data. Design and execute complete workflows from data loading through result interpretation, including single-factor and multi-factor designs, Wald tests with multiple testing correction, optional apeGLM shrinkage, and integration with pandas and AnnData.

When to Use This Skill

This skill should be used when:

Analyzing bulk RNA-seq count data for differential expre

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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